El Sabalero deberá medirse con Independiente Rivadavia de Mendoza en los 32vos de final. Lo mejor del Sabalero fue en la edición 1969, donde llegó hasta los cuartos de final.
Las participaciones de Colón en la Copa Argentina fueron fugases, tal vez el mayor suceso lo tuvo en la primera edición de 1969. Aquella vez igualó 1-1 con Deportivo Morón en el partido de ida, con gol de Colman, pero la revancha se la llevó 3-2 (Borgogno, Balbuna y Colman) para meterse en la segunda ronda de un torneo que tuvo 32 equipos y terminaría por coronar campeón a Boca. Después llegaría el turno de enfrentar a Independiente, con el cual cayó 3-1 en la ida (Borgogno) pero la revancha tuvo un contundente 5-1 que le permitió seguir adelante. Balbuena (3), Lobello y Ulrich metieron los goles. En cuartos de final, con gol de Mottura los rojinegros le ganaron 1-0 el primer partido a Huracán, pero perdieron 3-2 el segundo (Colman y Balbuena), con lo cual la clasificación la definió por penales y allí el Globo le puso el freno a la ilusión al ganar por 3 a 2.
En 1970, la 2ª edición de la Copa Argentina tuvo a 32 elencos participantes pero el título quedó desierto. Colón enfrentó en la rueda inicial a Atenas (Santo Tomé), al que batió 3-2 en la ida (Kominek, Di Meola y Borgogno), para golearlo luego 3-0 en el cotejo de vuelta (dos de la Chiva y el restante de Borgogno). A esa altura esperaba San Lorenzo, con el que empató 0-0 en el duelo inicial pero se despidió al perder 4-1 en la vuelta.
Después de distintas gestiones y con un nuevo formato, el certamen que intenta aglutinar a clubes de todas las categorías volvió a jugarse en la temporada 2011/12. Colón sorteó a Talleres en el Gigante de Arroyito al vencerlo por 2 a 1, con goles de Martín Luque y Gabriel Graciani, descontando Claudio Riaño para los cordobeses. Ese equipo que conducía Mario Sciacqua volvió a Rosario, pero el final fue distinto. Sarmiento lo dejó en el camino al ganarle 1-0 con gol de Ramón Wanchope Abila. Ya Roberto Sensini era el estratega del equipo.
En la edición 2012/13, que consagraría a Arsenal como campeón, también tuvo el debut y despedida para el Sabalero en 24vos de final. Juan Olivares y Sebastián Matos anotaron para el Calamar, que jugaba la B Metropolitana, en la provincia de Catamarca, mientras que Rubén Ramírez lo hizo para los rojinegros que tenían como DT a Roberto Sensini.
De la era moderna, se podría decir que el triunfo más importante que consiguió el equipo sabalero fue en la edición 2013/14, cuando eliminó a Lanús por 1 a 0, en cancha de Arsenal. Facundo Callejo le dio el pasaje a los 8vos de final a los de Diego Osella, que estaban militando en la B Nacional. Entonces fue el tiempo de enfrentar a River en San Luis y más allá de un encomiable 0-0 ante un equipo mix que puso el Millonario y que terminó festejando 4-2 en los penales.
En la edición 2014/15, Colón nuevamente fracasó ante un equipo del ascenso como Acasusso que lo sacó de combate en los penales 5-4, luego de empatar 0 a 0 en el Juan Domingo Perón de Instituto.
Y lo más reciente, en el inicio de la Fase Final de la 2015/16, Colón no pudo con Almagro, equipo que venía sosteniendo una discreta actuación en la B Nacional. Aún así, lo despachó 1-0 con gol de Lionel Altamirano. El presente no era el mejor, con Ricardo Johansen en el banco y dos Clásicos perdidos en un mes. Ahora, tal vez la historia sea distinta para que de una vez por todas, Colón le preste atención a un torneo que fue creciendo año a año.
